لحماية أصحاب المصلحة وجميع الأشخاص الذين يتعاملون مع أعمال المؤسسة لأسباب مختلفة، تعمل ثلاث هيئات حماية داخل مجلس الإشراف، المكون من محترفين مستقلين:
الهيئة الإشرافية
وهي تشرف على كل من مسؤولية الأعمال، بحيث يتم تنفيذ كل نشاط وفقًا للقوانين، وسلوك الأفراد، لضمان اتساق الأنشطة الشخصية والخيارات التنظيمية مع أهداف المؤسسة.
هيئة الضمان
تتحقق من مسؤولية الأعمال والأفراد بحيث يتم تنفيذ كل نشاط وفقًا لقيم المؤسسة وتطبيقًا لأحكام النظام الأساسي. كما تشرف الهيئة على الشفافية والرصانة والإنصاف تجاه أصحاب المصلحة.
هيئة الوقاية
وهي تعمل على تقليل المخاطر المحتملة للمواهب والأشخاص المشاركين في مختلف القدرات في الأنشطة المختلفة. تشرف على مسؤولية الأعمال بحيث يتم تنظيم كل نشاط وفقًا لخصائص واحتياجات المشاركين. وهي تضمن أن الأفراد، في تنظيم وإدارة الأنشطة، لديهم المهارات اللازمة لاعتراض المخاطر والمضايقات المحتملة ومعالجتها.
يمكن لأي شخص الاتصال بهذه الهيئات مباشرةً عبر البريد الإلكتروني. تعتبر إدارة التقارير خارج نطاق الأعمال، وهي مكلفة بمهنيين مستقلين يضمنون أقصى قدر من السرية والخبرة واستقلالية اتخاذ القرار.
في حالة عدم وجود إطار قانوني دقيق، فهي فريدة من نوعها في البانوراما الإيطالية: إن مؤسسة سان ميشيل أركانجيلو هي في الواقع الأولى في إيطاليا التي جهزت نفسها، بمبادرة حرة، بآلية تحكم صارمة.